MSDOS.SYS
MS-DOS에서는 MSDOS.SYS 파일이 시스템 파일의 일부로 사용되었지만, 윈도우 95 이후부터는 더 이상 시스템 파일로 사용되지 않고 윈도우 사용 환경을 설정하는 텍스트 파일이다. MSDOS.SYS 파일을 실수로 삭제하면 윈도우로 부팅할 수 없다. 이런 경우에는 텍스트 편집기로 MSDOS.SYS 파일을 만든 다음 파일 속성으로 시스템, 숨김, 읽기 전용을 설정하면 된다.
윈도우 95 이상 버전을 설치하면 루트 디렉토리에 읽기 전용, 시스템, 숨김의 속성을 갖는 MSDOS.SYS 파일을 만들어준다. 이 파일에는 윈도우의 파일 위치를 설정하는 [Paths] 섹션과 부트 과정을 개인화할 수 있는 [Options] 섹션이 포함되어 있다.
MSDOS.SYS 파일은 읽기 전용 속성을 갖고 있으므로 메모장 같은 텍스트 편집기로 편집할 수는 있지만, 같은 이름으로 저장할 수는 없다. 따라서, Attrib 명령어를 이용하여 MSDOS.SYS 파일의 모든 속성을 해제한 다음 메모장으로 편집하고, 편집이 완료되면 다시 원래의 속성을 부여해 주어야 한다.
다음은 MSDOS.SYS 파일에 포함될 수 있는 항목에 대한 설명이다. 항목에 빨간색으로 설정되어 있는 값이 기본값이다.
[Paths] 섹션

항목 | 설명
HostWinBootDrv=C | 부트 드라이브의 루트의 위치를 지정한다.
WinBootDir=C:\Windows | 윈도우 부팅에 필요한 파일 위치를 지정한다.
WinDir=C:\Windows | 윈도우를 설치한 디렉토리 위치를 지정한다.
UninstallDir=C | Winundo.dat와 Winundo.ini 파일의 존재하는 위치를 지정한다. 윈도우를 설치할 때 기존 시스템 파일을 백업했을 경우에만 나타난다.

[Options] 섹션

항목 | 설명
Autoscan=1 | 비정상적인 윈도우 종료 후 시스템을 다시 시작할 때 Scandisk의 실행 여부를 결정한다. 0 : Scandisk를 실행하지 않는다. 1 : Scandisk를 실행할 것인지 확인하는 대화상자가 나타난다. 2 : Scandisk가 실행되고 오류를 발견하면 고칠지 확인하는 대화상자 가 나타난다.
BootFailSafe=0 | 윈도우로 부팅할 수 없을 때 다시 시스템을 시작하면 안전 모드로 부팅할 것인지를 지정한다. 0 : 안전 모드로 부팅하지 않는다. 1 : 컴퓨터가 안전 모드로 부팅된다.
BootGUI=1 | 윈도우로 부팅할 것인지 도스 프롤프트로 부팅할 것인지 지정한다. 0 : 도스로 부팅한다. 윈도우 ME에서는 지정할 수 없다. 1 : 윈도우로 부팅한다.
BootKeys=1 | 부팅 시 <F4>, <F5>, <F6>, <F8> 같은 단축키의 사용 여부를 지정한다. 0 : 부팅 시 단축키를 사용할 수 없다. 1 : 단축키를 사용할 수 있다.
BootMenu=0 | 시스템이 시작될 때 일반 모드, 로그 파일 작성 모드, 안전 모드 등을 선택하는 Startup 메뉴가 나타나도록 할것인지를 지정한다. 0 : Startup 메뉴가 나타나지 않는다. 1 : Startup 메뉴가 나타난다.
BootMenuDefault=1 혹은 4 | 시스템을 시작할 때 Startup 메뉴에서 선택하는 디폴트 메뉴를 번호로 선택한다. 이 값은 자동으로 시스템이 올바르게 실행되면 1로 설정되고, 이전에 시스템이 정지하면 4로 설정된다.
BootMenuDelay=30 | Startup 메뉴가 나타난 후 사용자의 선택을 기다리는 시간을 초 단위로 설정한다. "0"으로 설정하면 간섭 없이 BootMenuDefault에서 설정한 메뉴가 바로 실행된다.
BootMulti=0 | 이전 버전의 운영체제로 부팅할 수 있도록 할 것인지를 지정한다. 0 : 이전 버전의 운영체제로 부팅할 수 없다. 1 : <F4>, <F8> 같은 키를 이용하여 이전 버전의 운영체제로 부팅할 수 있다. Fat32 파일 시스템일 경우에는 이 값을 "0"으로 설정하고 변경하지 않아야 한다.
BootWarn=1 | 손상된 레지스트리를 발견하였거나 윈도우 부팅에 실패했을 경우 안전 모드로 부팅한다는 경고 메시지가 나타나도록 할 것인지를 지정한다. 0 : 경고 메시지와 Startup 메뉴 없이 곧바로 안전 모드로 부팅한다. 1 : 경고 메시지와 함께 Startup 메뉴가 나타난다.
BootWin=1 | 윈도우로 부팅할 것인지를 지정한다. 0 : 윈도우로 부팅한다. 1 : 윈도우로 부팅하는 대신 기존에 사용하던 MS-DOS로 부팅한다.
DoubleBuffer=0 | SCSI 어댑터를 사용할 때 더블 버퍼 지원 여부를 설정한다. 0 : 더블 버퍼를 사용하지 않는다. 1 : 더블 버퍼를 사용한다. 시스템에 SCSI 어댑터가 있으면 이 값을 "1"로 설정한다.
DBLSpace=1 | 디스크 공간 늘림 프로그램으로 압축된 드라이브에 접근하기 위해 필요한 DBLSPACE.BIN을 메모리에 적재할 것인지 지정한다. 0 : DBLSPACE.BIN을 메모리에 로드하지 않는다. 1 : DBLSPACE.BIN을 자동으로 메모리로 로드한다.
DRVSpace=1 | 디스크 공간 늘림3 프로그램으로 압축된 드라이브에 접근하기 위해 필요한 DRVSPACE.BIN을 메모리에 적재할 것인지 지정한다. 0 : DRVSPACE.BIN을 메모리에 로드하지 않는다. 1 : DRVSPACE.BIN을 자동으로 메모리로 로드한다.
LoadTop=1 | 메모리 충돌로 인한 호환성 문제가 있을 때 유용한 항목으로 COMMAND.COM, DBLSPACE.BIN, DRVSPACE.BIN을 상위 메모리로 올릴 것인지를 지정한다. 0 : COMMAND.COM, DBLSPACE.BIN, DRVSPACE.BIN을 상용 메모리(기본 메모리)에 로드한다. 1 : COMMAND.COM, DBLSPACE.BIN, DRVSPACE.BIN을 상위 메모리에 로드한다.
Logo=1 | 윈도우로 부팅할 때 윈도우 로고를 화면에 표시할 것인지를 지정한다. 0 : 윈도우 로고가 나타나지 않는다. 이렇게 설정하면 마이크로소프트 사에 제공하는 것 이외의 메모리 관리자와 문제를 일으킬 수 있는 다양한 인터럽트를 가로채지 않는다. 1 : 윈도우 로고가 나타난다.